医療情報の連結方式とそのスキームについて、厚生労働省が一定の方向性を示した。厚労省の専門部会が2019年10月2日に報告書をまとめ公表し、今後の具体的な仕様の策定、実施主体についても言及している。
付与方式は2パターン
報告書を公表したのは「厚生労働省の医療等情報の連結推進に向けた被保険者番号活用の仕組みに関する検討会」。医療情報を連結するためのいわゆる「医療等ID」と呼ばれていたものについては、昨年、関連部会が「被保険者番号を個人化したもの」を活用すると報告書を出し、2020年以降、各保険者において順次、個人化するための符号2桁が被保険者番号に付与されることになっている（既報）。今回の検討会の報告書はそれを受け、さらに保険者をまたいだ情報について連結解析をする場合、どのようなかたちで連結するかや、連結し情報を取り扱う主体について示唆している。
具体的には、今後設立を想定する専門機関が、被保険者番号を日常的に取り扱う社会保険診療報酬支払基金等の機関から情報を集積し、情報を連結解析したい機関からの照会に、さらに同一人物であることを示す一定の符号を付与するかたちで回答する。この際、問い合わせ元が公的機関であるかないかで、回答と付与のパターンが2種類に別れるとした。
・ 次世代医療基盤法の認定事業者については、特定の個人には結びつかないが、照会されたテーブルの中で同一人物を表すキーを 付して返す（パターン１）
・ 一方、ナショナルデータベース（ＮＤＢ）等のような匿名化された データベースについては、匿名化処理をする前に照会し、システム内で、履歴管理される最初の個人単位化された被保険者番号を付して返し、そこからハッシュ値を生成する（パターン２）
「オンライン資格確認の運営主体が適切」
また、報告書ではこの回答を行う機関（報告書では照会・回答システムの運営主体と言及）について、効率化のため並行して進められているオンライン資格確認ののための運営主体が一体的に行うべきだとした。これは事実上、被保険者番号を取り扱う社会保険診療報酬支払基金などの機関で行うべきだということを示唆したものだと言える。
今回の報告書について、専門家である藤田卓仙氏（医師、法務博士 / 慶應義塾大学医学部特任講師）はMed IT Techの取材に対し
「今年の法改正で、NDBと介護DBの連結、活用が進むことが期待されているが、さまざまなデータベースに横串を刺して利活用するためには、IDに関するさらなる立法措置がなされ、個人データ（仮名化データ）が使えるようになることに期待したい」
と、今後の進め方について意見を述べている。